همان طور که ذکر شد، درمان آبسه با تخلیه چرک از حفره عفونی و ایجاد سوراخی در نزدیکی مقعد برای برداشتن فشار از این ناحیه حاصل می‌شود. در بیشتر موارد، انجام این عمل دردناک بوده و بهتر است تحت بی‌حسی موضعی و یا بیهوشی مختصر انجام گیرد. آبسه‌های بزرگتر یا عمیق‌تر نیازمند بستری شدن و بی‌حسی عمومی است. همچنین در مواردی که عفونت شدید‌تر بوده و یا مشکلات دیگری از قبیل دیابت و یا کاهش سطح ایمنی بدن وجود داشته باشد، بستری شدن بیمار مورد نیاز خواهد بود. آنتی‌بیوتیک‌ها معمولاً به عنوان روشی جایگزین برای تخلیه چرک مطرح نمی‌شوند؛ زیرا آنتی‌بیوتیک‌ها به وسیله خون در بدن منتقل شده و به مایع موجود در آبسه نفود نمی‌یابند.
برای درمان فیستول نیز انجام جراحی ضروری است. با وجود اینکه جراحی فیستول نسبتاً آسان است اما می‌تواند مشکلاتی بالقوه در پی داشته باشد. این امر اهمیت انجام عمل توسط متخصص جراحی کولون و رکتوم را بارز می‌سازد. جراحی فیستول می‌تواند همزمان با جراحی آبسه انجام شود که به تجربه کافی جراح کولورکتال نیاز دارد. هر چند فیستول معمولاً بین 6-4 هفته بعد (در مواقعی ماه‌ها یا شاید سال‌ها بعد) از جراحی آبسه شکل می‌گیرد.